En l’an deux de l’ère Keian, époque d’Edo, deux clans s’affrontent dans une guerre sans merci autour d’un manuscrit secret, Les Chroniques secrètes des Yagyû. Dans ces pages se trouvent des secrets capables de faire trembler le shogunat des Tokugawa. C’est à Yagyû Jûbei, escrimeur légendaire et gardien des Chroniques secrètes, d’empêcher le Japon de sombrer dans une guerre civile sanglante.